俳句では「ゃ・ゅ・ょ・っ」を小書きにしてはいけない？

カタカナの小文字は、新仮名が始まる以前から小書きが行われていたので、これからも小書きでにしましょう。
という内容です。

1988年以前に小書きは行われていましたが、特にカタカナの「ャ・ュ・ョ・ッ」で小書きを通していたのは、カタカナが外来語だったからです。
外来語の名詞に含まれる小文字を大文字で表記すると、発音がわからず誤読する人が増えてしまうため、小文字が原則として使われていました。

一方、平仮名は、小書きが生まれるまで当たり前のように大文字で書いていたので、大文字で書かれても、苦労はせずに読めたと推測できます。

旧仮名時代、「カタカナは小文字で、平仮名は大文字で書かなければいけない」という決まりで、カタカナの小文字を小書きにしていた訳ではありません。
ですので、内閣の告示を根拠にすることも、説得力が薄いと言えます。

公文書は2010年頃まで大文字だった？

1988年に新仮名が始まり、一般には小書きがすぐに浸透しましたが、公文書では2010年頃まで平仮名の小文字は大文字で書いていました。
このことも、「平仮名の小文字は大文字で書かなければいけない」という説明の一つにあげられます。
公共の機関が20年以上小文字を大文字で書いていたのだから、それだけ小文字は大文字で書くことが正しいという証拠だ、ということです。
ただ、公文書において2010年頃まで小文字を大文字で書き続けていたのは、法令の一部が変わったとき、古い法令の記述が大文字表記のままで、修正した法令の記述を小書きにすると、表記が混ぜこぜになるため、1988年を機に一気に小書きに切り替えることができなかったという事情があったからです。
特に、旧仮名で小文字を大文字にしなければいけない、重要な理由があったからという訳ではありません。

このようにみると、「俳句では平仮名の小文字を大文字にしなければいけない」と言われる理由が分からなくなります。

大文字表記の読みにくさ

小文字を大文字表記するということは、「まっしぐら」を「まつしぐら」と書き、「こんにゃく」を「こんにやく」などと表記します。
作品では次のようになります。

電車いままつしぐらなり桐の花　　（「まっしぐら」→「まつしぐら」）
紫蘇（しそ）畑こんにやく畑昼の雨　　　　（「こんにゃく」→「こんにやく」）

このような表記は、読者が作品を読むさいに、不要に誤読を生じやすい表記と言えないでしょうか。
小文字が１つだけであれば、普通に読めなくもないのですが、複数の小文字が続くようなときは、どうしてもそこで流れが止まります。場合によっては、どの単語を使っているのか分からない時もあります。

朝採れのきゆつとしまつた胡瓜かな　　　（「きゅっとしまった」→「きゆつとしまつた」）

小文字が続く単語が使われると、読みにくさを感じます。
現代では小文字と大文字は分けて表記しているのですから、同じように、小文字と大文字を分けて書いた方が、現在の読者にはやさしい表現とも言えます。

小書きにどんな問題が生じるの？

小文字を小書きにすると、表現上の問題が生じるのでしょうか？
生じるのであれば、小書きにすることは控えたほうがよさそうです。

一つ考えられる問題があるとすれば、小文字が小書きにされていると、口語俳句だと勘違いされてしまう可能性があることです。
読者が口語として読み、偶然にも口語として鑑賞することで意味が変わってしまう熟語が作品中にあった場合は、間違った解釈で作品を鑑賞されてしまいます。
余程のことがない限り、そのようなことは起こらないと思いますが。

最後に

俳句での小書きについて、どのように感じましたか？
個人的には、旧仮名での小文字の表記方法は、周りがどうするべきだと言うのではなく、作者の考えで良いように感じます。
私の場合、句作は旧仮名・文語を作っていますが、小文字は平仮名もカタカナも小書きです。
ただ、句会の清書や、句会の作品を印刷したプリントでは、小文字が全て大文字に直されてしまいます。